Während der Zeit der Teilung der Stadt fristete die S-Bahn in Westberlin nur ein Schattendasein. Einerseits versuchte die DDR über die Deutsche Reichsbahn, die auch die Strecken in Westberlin Betrieb, Druck auf die Regierenden in der westlichen Stadthälfte auszuüben, andererseits forcierte der Westberliner Senat den Ausbau der U-Bahn. So wurden mehr und mehr Strecken in Westberlin stillgelegt, andere waren bereits durch den Bau der Berliner Mauer obsolet geworden, da die Regierung der DDR keine grenzüberschreitenden Strecken duldete. Zu diesen Strecken gehörte auch die Berliner Ringbahn.

Ähnlichen Einschränkungen war auch das die Stadt durchschneidende Fernbahnnetz unterworfen.

Nach dem Fall der Mauer wurden Pläne zur Wiederaufnahme des Betriebes und zur Neugestaltung der Verkehrswege erstellt. 1993 wurde der Betrieb auf dem 1980 stillgelegten Westteil des Ringes wieder aufgenommen, schrittweise wurden S-Bahnhöfe wieder aktiviert und im Jahr 2003 war der Ring geschlossen.

Parallel dazu erfolgte die Wiederherstellung der Fernverbindungen, im nördlichen Teil Berlin unter veränderten konzeptionellen Bedingungen. So entstand bereits im Jahr 1992 das Pilzkonzept. Dieser Name rührt daher, dass eine schematische Streckenübersicht an einen Pilz erinnert.

Im Rahmen dieses Pilzkonzeptes entstanden im Bereich zwischen den S-Bahnhöfen Schönhauser Allee und Gesundbrunnen auf dem S-Bahn-Ring und dem Bahnhof Bornholmer Straße in nördlicher Richtung mehrere Tunnel sowie eine große, dreiecksförmige Freifläche, die für die Öffentlichkeit nicht zugänglich ist. Diese große Freifläche hat sich seit 2006, dem Jahr, in dem die Bauarbeiten weitgehend abgeschlossen wurden, zu einem üppigen Biotop entwickelt, dass man von der als Schwedter Steg bezeichneten Fussgängerbrücke gut betrachten kann. Diese Fläche liegt an der Grenze zwischen den ehemaligen Stadtbezirken Wedding und Prenzlauer Berg. Wedding gehört aber jetzt zum Bezirk Mitte, Prenzlauer Berg zu Pankow.